La rue Visconti est tracée sur un terrain qui était régulièrement inondé avant qu'on le réhausse au 16e siècle pour y bâtir (voir la page sur le relief de la rue Visconti). Les eaux de la Seine envahissaient ce terrain en particulier quasiment chaque hiver, la zone allant de la rue Bonaparte à la rue Mazarine et de l'église Saint-Germain-des-Prés à la Seine étant plus basses que les terres environnantes.

Aujourd'hui, le niveau du sol est environ 4 à 5 m au dessus du sol géologique, mais la rue demeure en zone inondable. Trois grandes crues ont notamment été répertoriées (voir ci-dessous), la plus importante en février 1658, puis en janvier 1802 et enfin, la plus célèbre, en janvier 1910.



La crue de 1802 est utilisée par Victor Hugo dans les Misérables, où il écrit "La fange (...) pénetra (...) rue des Marais où elle s'arrêta à une longueur de 109 mètres précisément à quelques pas de la maison qu'avait habité Racine". Pour information, une distance de 109 m depuis la rue de Seine correspond au numéro 20 de la rue. On ne retrouve pas cette limite dans le relevé des zones couvertes par l'inondation.

L'inondation de 1910 est documentée par la photo d'introduction de la page. D'après les relevés des zones inondées, le photographe a sans doute les pieds au sec, dans la partie non recouverte de la rue.

La zone, reprenant en gros les limites de la crue de 1910, est aujourd'hui définie comme étant en zone inondable par débordement des eaux du fleuve.